針對填料保留機理的不同(填料保留目標化合物或保留雜質)，操作稍有不同。
固相萃取操作一般有四步
一、填料保留目標化合物
1、活化----除去小柱內的雜質并創造一定的溶劑環境。
2、上樣----將樣品用一定的溶劑溶解，轉移入柱并使組分保留在柱上。
3、淋洗----除去干擾物。
4、洗脫----用小體積的溶劑將被測物質洗脫下來并收集。
二、填料保留雜質
固相萃取操作一般有三步
1、活化--除去柱子內的雜質并創造一定的溶劑環境。
2、上樣--將樣品轉移入柱，此時大部分目標化合物會隨樣品基液流出，雜質被保留在柱上，
故此步驟要開始收集
3、洗脫---用小體積的溶劑將組分淋洗下來并收集，合并收集液。
此種情況多用于食品或農殘分析中去除色素。
一、固相萃取裝置采用哪種上樣方式適合?
目前市面上常用正壓上樣和負壓上樣兩種方式萃取，但負壓上樣因不能有效控制流速而造成回收率不穩定和儀器重復性差等原因，所以主流廠家一般采用正壓上樣方式，全自動固相萃取儀采用高精度注射泵正壓上樣洗脫樣品，更加準確地控制液體流速，從而顯著提高了儀器重復性并確保了樣品回收率。
二、樣品處理速度有什么要求?
單個樣品的固相萃取循環一般為20分鐘左右，一般廠家的固相萃取儀都差不多。所以，一般來說，儀器同步處理的樣品數越多，處理速度就越快。全自動固相萃取采用6通道+3種模式靈活萃取，提高了樣品處理速度。
三、能否有效避免萃取過程中流路的堵塞?
應用過程中常遇到的問題：流路堵塞造成儀器故障。
在發生柱堵塞時，大部分不能自動檢測，使樣品和溶劑泄露，造成嚴重損失和交叉污染。流路內置高靈敏壓力傳感器，當流路壓力>0.6Mpa時，系統會自動報警，從而有效保護裝置。
四、能否對交叉污染進行有效控制?
樣品和溶劑使用同一管路，易造成污染，尤其是無清洗功能的儀器，短時間內，管路就會殘留多種化合物，這是造成很多實驗失敗的根本原因。采用流路分離單元自動選擇溶劑，有機溶劑廢液有獨立的廢液通道，有效避免交叉污染。
